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外来種に対して、従来からその地域で棲息・生育するものを在来種という。したがって、ある地域の在来種が他の地域へ広がった場合は外来種とされる。

人為的に持ち込まれたものであれば、意図的な栽培や放流等によらず、偶然に定着した場合でも、外来種という。実例として、ブドウは遣唐使らによって持ち込まれたものの種子が捨てられて発芽し、そのまま自生化して鎌倉時代以後に現在の山梨県の一部地域で栽培作物化されたものであるとされている。シロツメクサは、江戸時代にオランダから輸入されたガラス器の箱の中に敷き詰めてあったもので、種子が偶発的にこぼれおちて発芽し、日本全域に広まったものと考えられているが、これらも外来種に含まれる。

外来種の植物は、特に人為的な理由により環境に変化がおきた場所で多く生育することが多い。ただし環境が復元されると、自然と勢力が減退することも多いので、外来種の生育状況で環境の悪化の指標とすることもある。

外来種か在来種か決めることが難しいものもある。ハクビシンは、日本以外では台湾から東南アジアに分布し、日本のものは外来種であるとする説が根強い。しかし確かな放獣記録があるわけではなく、在来種なのでは、とする見方もある。

「移入種」「外来種」「帰化種」という言葉は、従来、混在して使われてきた。たとえば行政においては、環境省は「移入種」を、国土交通省は「外来種」を用いてきた経緯があり、いずれも主に国外から移入されたものを対象としていたが、最近では国内の他地域から人為的に移入されたものも含めて「外来種」と呼ぶのが一般的になってきている。

移入元が国外か、同一国内の他地域であるかによって、国外外来種（国外移入種）、国内外来種（国内移入種）と区別する言い方もある。